La presenza di un esteso porto e di banchine megalitiche a Tiwanaku, oltre che di una coltre di sedimento alluvionale spessa in alcuni punti fino a 21 metri sono chiari indici che all'epoca della sua costruzione Tiwanaku sorgesse sulle rive del Titicaca.
Nel corso degli anni '60 una sconcertante scoperta rivoluzionò tuttavia questo quadro. In quegli anni venne infatti sistematicamente indagato il sito di Lukurmata, presso le attuali rive del lago Titicaca, il quale risultò essere un emporio commerciale di epoca Tiwanaku, dotato di edifici sacri e, cosa più sorprendente, di chiare strutture portuali.
E' chiaro tuttavia che all'epoca della fioritura di Tiwanaku, Lukurmata, oggi prossima alle rive del lago, si sarebbe trovata completamente sommersa.
Attualmente sembra delinearsi tuttavia un quadro sempre più chiaro delle circostanze che condussero alla fine dell'epoca classica di Tiwanaku, quasi certamente legata ad un qualche evento cataclismatico. La violenza del sisma fu tale da lasciare la città in rovina, abbattendone gli edifici e sconvolgendone la fisionomia. Cosa più significativa, provocò il ritiro del lago, che si ritirò di oltre 28 Km.
E' possibile tuttavia che il lago si sia ritirato ben oltre dei 28 Km stimati, lasciando dunque scoperta un'estensione di terra ben più ampia e comprendente i siti individuati al di sotto del livello attuale delle sue acque.
Poichè la portata degli immissari del Titicaca è estremamente modesta, il riempimento del lago sarebbe stato estremamente lento, al punto da consentire insediamenti stabili sulle sue coste. Il lento, ma costante, innalzamento delle acque costrinse probabilmente all'abbandono di questi siti, attualmente situati ad una profondità di circa 30 metri.
Il lago si sarebbe quindi ristabilizzato sui livelli attuali: il bacino del Titicaca è infatti in perfetto equilibrio idrometrico, poichè l'acqua che esce per effetto dell'evaporazione e dell'unico emissario, il fiume Desaguadero, è perfettamente compensata dalla portata degli immissari.
La successione dei siti dovrebbe dunque essere la seguente: dapprima Tiwanaku venne fondata sulle rive del lago. A seguito quindi del cataclisma che distrusse il centro cerimoniale e provocò l'interramento del porto, un nuovo porto e altri edifici vennero edificati presso la nuova linea costiera (attualmente sommersa). Mano a meno che il livello del lago ritornava ai livelli precedenti al cataclisma, questi insediamenti venivano sommersi, giustificando la costruzione di un nuovo porto più nell'entroterra, a Lukurmata (da notare che il lago non riprese tuttavia mai del tutto i livelli precedenti, probabilmente per via di un innalzamento del suolo).
Ad ogni modo, l'esistenza di estese rovine sul fondale del lago Titicaca, ad una profondità di circa 30 metri, è un fatto ampiamente accertato.
Le rovine, note già dagli anni '80, e situate al largo di Puerto Acosta, sono state anche oggetto di una spedizione da parte di un team italiano, il cui sito è visitabile al seguente link:
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